来自韩国首尔国立大学兽医学院的研究团队，开发了一个可供浏览的犬类表观遗传图谱，命名为EpiC Dog（犬表观基因组目录），旨在支持未来的研究工作。
在《科学进展》（Science Advances）期刊上发表的论文《犬表观基因组的综合图谱：比较组织间和跨物种研究的参考注释》中，详细阐述了全面理解犬类表观遗传因素的方法。
表观遗传学研究的是基因表达的变化，这种变化可以在不改变DNA序列的情况下发生。这些变化可能受到多种因素的影响，包括饮食、环境、生活方式选择和心理压力，并可能遗传给后代。
家犬，即家狗，是表观遗传学研究中的一个有趣物种，因为它们与人类共享大部分环境条件。通过人类的性状选择，人工培育出了数百个品种。
历史上，从未有大量的野生小猎犬在开阔的平原上追逐野牛，也没有一群咆哮的哈巴狗驱赶剑齿猫远离刚捕获的驯鹿。这是留给所有家养狗的共同祖先——灰狼的遗产。
尽管驯化始于两万多年前，但我们今天所知的大多数狗品种是在150年前的英国被改良的。在维多利亚时代，独特的狗品种变得极为流行，杂交现象加剧了所谓的“维多利亚爆炸”。
从形态到行为的表型特征的快速多样化在狗的基因组中都有体现，可以从进化和表观遗传效应中获得许多启示。
研究人员进行了全基因组的分割和功能注释，以生成参考犬表观基因组。对三只成年小猎犬的11种组织类型进行了RNA测序、5个主要组蛋白标记的染色质免疫沉淀测序和结合域测序，建立了两个数据集的重复。
选择比格犬是因为它们是人类癌症研究的重要组成部分。在有执照的兽医指导下，研究小组收集了大脑、小脑、结肠、肾脏、肝脏、肺、乳腺、卵巢、胰腺、脾脏和胃的活检。这些组织类型的选择主要基于肿瘤的发展风险和流行程度，以优先考虑比较肿瘤学研究的效用。
来自组织样本的序列数据与转录水平的计算数据集成相结合，用于全基因组功能注释、染色质状态发现和下游表观基因组分析。
通过对犬表观基因组的明确界定，利用人类和小鼠的ENCODE数据进行分析，使研究小组能够将犬的观察结果与人类和小鼠表观基因组活性的现有知识相联系。
跨物种基因表达模式的聚类和分析显示了组织特异性和物种特异性的聚类，为人类、小鼠和犬基因表达的保护和分化提供了见解。
EpiC Dog参考（目前在GitHub上）提供了犬的表观基因组目录，可用于人类医学研究中以犬为模型的比较生物学和犬类疾病的兽医医学研究。
©2023 Science X Network
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